Ewidencjonowanie faktur kosztowych w firmie może ale nie musi odbywać się na specjalnych zasadach. Zależy to od sposobu, w jaki rozliczamy podatek i ogólnie mechaniki tego procesu stosowanego w danym przedsiębiorstwie. Faktury kosztowe niczym w sensie technicznym nie różnią się od zwykłych faktur VAT sprzedaży, które otrzymujemy od sprzedawców dóbr nabywanych przez nas dla potrzeb działalności gospodarczej.
Różnica polega na sposobie wykorzystania zakupionych dóbr. Z fakturami kosztowymi mamy do czynienia wtedy, gdy naliczony na nich podatek VAT nie będzie mógł zostać przez nas odliczony w czasie dokonywania rozliczenia podatku od towarów i usług gdyż dobra nie będą podlegały obrotowi. Inaczej rzecz ujmując, faktura kosztowa to dokument, na którym widnieją towary zakupione na potrzeby firmy stanowiące wyłącznie koszt jej działalności.
Nie mają one związku z podatkiem VAT lecz będą efektywnie zwiększać koszty prowadzenia działalności obniżając równocześnie zysk i redukując tym samym sumę podatku, którą od niego zapłacimy. Jeśli chcemy by program do fakturowania prowadził za nas większość księgowości to musi on być w stanie rozróżniać faktury, z których podatek możemy rozliczyć i te, z których nie możemy.